يضطلع صاحب السمو الشيخ محمد بن زايد آل نهيان بطيف واسع من المسئوليات منها الاقتصادية والتشريعية ومنها ما يتعلق بالسياسات في إمارة أبوظبي ودولة الإمارات، بالإضافة إلى أنه ملتزمٌ بالمحافظة على البيئة والعمل الخيري.
كونه ولي عهد إمارة أبوظبي، يعتلي صاحب السمو الشيخ محمد منصب رئيس المجلس التنفيذي لإمارة أبوظبي، بحيث يقوم المجلس التنفيذي بالإشراف على وضع وتنفيذ جميع السياسات والتشريعات الحكومية بالإمارة بتوجيه من صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان، رئيس دولة الإمارات العربية المتحدة وحاكم أبوظبي.
وتمثل البيئة إحدى أهم أولوليات سمو الشيخ محمد سواء من المنظور المتعلق بالسياسات أو من المنظور الشخصي. وقد كان لسموه دور فعال في تأسيس هيئة البيئة- أبوظبي، كما قاد جهوداً حثيثة لحماية الأنواع الحية مثل الصقر، والحبارى، والمها العربي على الصعيدين المحلي والدولي. وفي يناير من عام 2008، أعلن سموّه عن مساهمة حكومة أبوظبي بمبلغ قيمته 15 مليار دولار أمريكي في "مصدر"، المبادرة العالمية الواضعة لمعايير الطاقة البديلة والمتجددة ومقرها أبوظبي، والمطور للمدينة الأولى من نوعها في العالم الخالية من النفايات والإنبعاثات الكربونية.
بالإضافة إلى جميع هذه المسئوليات، يترأس سموه مجلس إدارة شركة مبادلة للتنمية، وهي مؤسسة استثمارية مملوكة لحكومة أبوظبي.
ويأتي صندوق محمد بن زايد للمحافظة على الكائنات الحية كعملٍ خيري خاص.